1、相比於傳統的扡插、嫁接，組織培養需要具備的條件更高些，而且對設備也有一定的要求，培養時要保證無菌的環境，需要一定的投入，並不是隨便在某個角落就能夠輕鬆的完成的。
2、組織培養首先要準備合適的培養基，但是一種植株的品種很難找到合適的培養基，需要逐漸的實驗篩選，有一定的周期。這也給組織培養的普及，帶來一定的困擾。
3、組織培養較大的難點就是降低黄瓜下载APP最新版官方下载苗的汙染率和提升黄瓜下载APP最新版官方下载苗移栽的成活率，組織培養雖然能夠培養出很多幼苗，但是適應環境的能力還是有一定要求的，整體的技術和實踐要求進而限製了組織培養的普遍應用。
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